La fábrica que hoy podemos contemplar reúne las características de los templos conventuales prototípicos de la arquitectura clasicista desarrollada en nuestro país entre 1575 y 1650. Se trata de un espacio de planta de cruz latina con capillas entre los contrafuertes, cubierto con bóveda de cañón con lunetos, cabecera plana y coro alto a los pies. La cúpula sobre tambor que cubre el tramo central del crucero, levantada en el siglo XVIII, substituye a la media naranja ciega original. Por su parte, la fachada está inspirada en los modelos arquitectónicos del italiano Andrea Palladio. Está presidida por una portada cuya decoración pertenece igualmente al más puro vocabulario clasicista. En ella destaca la imagen de Nuestra Señora de la Merced representada como la Virgen de la Misericordia que abre su manto para proteger a la cristiandad.
El claustro se sitúa al este de la iglesia, en el lado del evangelio. Es de planta trapezoidal, dos de sus lados tienen cuatro tramos y otros dos cinco; se cubren aunque con bóvedas de arista. Y están articulados por arcos fajones doblados. El patio tiene tres pisos: el primero con arquería de vanos de medio punto, rematados por óculos; el segundo y tercero con arquerías entre pilastras de orden gigante. La escalera se sitúa en la crujía oriental y está cubierta por una bóveda gallonada con nervios que parten de una entablamento corrido. El exterior del conjunto presenta cuatro plantas de ladrillo, con huecos adintelados e impostas corridas. La portada se sitúa en el lado norte cercana a la de la iglesia, con arco de medio punto entre pilastras, coronado por hornacina y escudo.